2011年英国皇家学会发表报告称，中国在国际科学期刊上发表的论文已经位居全球第二，论文引用率从1999年到2003年和2004年到2008年两个时期只有0和4%，与美国同期36%和30%相比，差距巨大。这说明，我国现在只能说是一个论文大国，还远远称不上学术强国；而要实现学术强国的目标，笔者认为，必须破除学术领域不合理的制度安排，规范科研秩序。
举国体制下的科研机制有其独特的时代背景，以行政为中心的科研资源分配与评价机制制约了我国科研的活力和创造性。去行政化的核心是将学术的决定权返还于学术自身，而不是取消科研管理和科研人员的研究级别。去行政化的关键是消除行政管理体系中长官意志对于学术的束缚，重新树立学术领域的自我管理机制，避免教授争处长的尴尬局面。
学术的独立来自于对于科学和真理的追求。独立的思想来源于独立的思考，独立思考的前提是研究的独立。所以有人说，一个大学校长的任务可以归结为“五子登科”，为教职员工解决“票子、房子、车子、面子和孩子”问题，免除科研人员的后顾之忧，为其创造一个专注于学术的环境。正如美国等国家大学校长的职责一样，其主要任务是通过自身影响力为学校筹集资金。
重塑学术的独立性，关键要建立学术的自我管理机制。学术的自我管理来自于学术边界的确定，以及基于学术规律的一整套制度设计。目前，国内许多大学和科研院所都在进行改革，但因为是基于政府系列的层级制度进行的，不仅制约了学术自我管理的内在动力，而且因其对学术资源的垄断，滋生了一些制度性的学术。
在市场经济条件下，待遇改变观念，收入水平不是衡量成功的唯一标准，但却是引导职业选择的重要因素。在现行工资机制下，基本工资并不能保障科研人员的生活开支，也不能反映知识的价值。在学术研究领域，高学历人群聚集，他们所受教育时间长，付出的时间成本高于其他社会群体，但其收入水平与其前期付出不成正比，于是不得不到处拉项目、找课题，通过课题经费补贴生活费用。在某种意义上，研究经费成了工资的另外一种发放形式，而且成为收入中的大头；为了合理地获得劳动报酬和避税，还引起诸如假等问题。在找课题的过程中，掌握课题经费的中间人或学术掮客，可以将课题发包给其他人做，而真正撰写报告的科研人员只不过是建筑工地上的泥瓦匠。同时，那些真正用心做学问的人不仅难于发表学术成果，且会因缺乏关系而被逐步边缘化。
国际学术界的收入结构则不同，许多研究人员拿的是年薪，课题经费专用于科研，与本人收入并没有太多的直接关系。因此，在现有的收入机制下，如果不能解决科研人员的收入分配问题，整个科研体制的利益分配就不会形成一个有效的激励约束机制。
现在的大学教授乐意招收政府官员做学生，政府官员也愿意在学校兼任博导教授，商人亦把客座教授当做一种荣誉。官学商不分导致当前学术界乱象从生，不仅损害了学术的声誉，降低了学术的地位，而且还成为滋生学术的温床。教授四处赚钱，越来越像商人；商人著书立说，越来越像教授；官员既像商人又像教授。官学商不分的根本原因在于学术无法保持独立性，仿佛离开了官商的加盟，不仅底气不足，而且会失去很大一块课题经费来源。
在发达国家如美国等，这三者身份不能兼得。如果大学教授出任政府官员，一定要辞去学校的职位，离任后才可以再次选择是否回到学校，而现职官员兼任学校职位更不允许。学界与政府的交流不是不可以，但二者不能混为一谈，要有明确的边界和各自的定位，唯有如此，才能保证学术的自由与纯洁，才能避免学术寻租等行为的发生。
“不发表则死亡”是学术界国际惯例，在我国尤为重要。在学位获取、科研考核和职称评定的时候，对在“核心期刊”发表论文有非常明确的数量要求，因此“核心期刊”也成为科研人员发表文章的必争之地。为了能发文章，要通过种种关系打通与杂志社的关系，杂志社也从中发现了掘金之路。在期刊评估的时候，有些机构不惜重金疏通课题组相关人员，希望能继续留在核心期刊目录之内，这样才能保证财源滚滚。
事实上，核心期刊的认定具有很强的主观性。不同的单位都有自己内定的核心期刊。并且，大家的标准也不尽相同，基本都会把本系统的刊物罗列其中。由此看来，核心期刊的文章不一定能代表本领域的最高成就。此外，绝大多数的核心期刊没有引入匿名的同行评议机制，文章发表与编辑的个人喜好有很大关系。因此，以发表论文数量为标准的评价机制，不仅制造了大量的垃圾论文，而且还迫使一些科研人员抄袭造假，特别是在国际刊物上由于学术不端导致的撤稿行为给国内的学术声誉造成极为恶劣的影响。因此，目前的科研考核机制亟待改革，应破除以数量为主的评价标准，引入匿名专家评议制，重塑核心期刊的核心价值。
追求一流的学术水平，根源在于制度安排。应以重塑学术的独立性为核心，建立以学术为核心的管理评价标准，加强诚信机制建设，改革收入分配机制，改变学术领域重数量轻质量的功利模式，唯此，学术大国向学术强国的转变才能逐渐变成现实。
