“首席科学顾问”这一职位的历史只能追溯到2012年。随着新一届委员会上任，该职位是去是留成为人们心中的一个问号。
九大非营利性组织呼吁委员会的候任主席Jean-Claude Juncker废除该职位。他们非常愤慨现任科学顾问Anne Glover对转基因生物的支持。但他们的这一呼吁却引发了科学家和科学组织对于该职位的支持。
一直以来，只要有“转基因”几个字出现，人们的争论就会迅速升温。然而，即便是Glover的支持者也表示，科学顾问的职位的确存在着预算微薄、岗位职责不明晰等问题，因此需要将于11月就职的新委员会解决这些问题。
即将卸任的Jos Manuel Barroso在两年前将时任苏格兰首席科学顾问的Glover邀请过来，“在科学、技术与创新的各个方面提供独立的专家意见”。但是Glover的合同在10月底将会与Barroso的离任一起过期。Juncker是来自卢森堡的老手，他必须决定是否要继续留存这一职位，同时也要决定是否与Glover续签。
非营利性组织的建议是直接结束并废除该职位。在7月22日发表的公开信中，他们表示，Glover歪曲了科学。比方说，她表示，转基因植物的风险并不比传统种植植物的风险大。
“她听起来更像是转基因生物的说客。”绿色和平组织欧洲分部主任Jorgo Riss表示，这个问题已经超越了转基因，“我认为将某个人放在主席身边，（帮助）决定如何解读某个数据是一个根本的缺陷。”他指出，只依赖于一个科学家也会让产业界更方便进行游说。
美国博尔德市科罗拉多大学科学与技术政策研究中心的Roger Pielke并不赞同转基因生物的批评。“这是一个非常普遍的趋势：如果你不喜欢这个建议，那就罢免这个顾问。”他说。
英国萨塞克斯大学科学建议专家James Wilsdon则表示，如果政策基于更好的证据，那么从长远而言则会惠及每个人，包括非营利性组织。他将非营利性组织的信称之为“完全适得其反和愚蠢的行为”。
但是二者都同意这次争论的确将问题摆在了桌面：Glover的角色并没有得到很好的定义。她在欧洲各地进行演讲，但并不明确她是以什么身份进行演讲的。她每个月都会走进欧盟委员会的核心地带，直接向Barroso进行报告。他们的沟通话题非常广泛，包括超级计算机、空间气象和登革热，但是她的建议均保密。
“她无法避免不喜欢她建议的利益团体所引发的冲突，因为没有人明确地知道这个办公室到底扮演什么角色。”Pielke表示，这需要改变，“如果Barroso要求她对转基因生物进行报告，她可能会撰写一份报告，她关注的是实质，而非科学建议的过程本身”。
据报道，Glover拒绝讨论这些信，但她也同意透明是“建立信任的根本”。“我的网站显示我想要公开的愿望，当然我会回应对于访问档案的请求，而且一直积极主动地与广泛的利益相关者举行会议。”她在一封邮件中写道。
在《科学》杂志上个月的一个广泛话题采访中，Glover表示她自己对于布鲁塞尔的政策进程有些沮丧。她表示，家趋向于寻找证据支持他们已有的立场，但她拒绝给出例子。
“此刻没有人会走进去说：为什么你用这个证据，这已经过时了，或这是相当有偏见的。”她表示。Glover承认，她的预算有限，只有6名职员，这牵制住了她，“目前我们非常受限，我们有很多想法但却没有足够的人手操作或完成它们。”
Glover试着通过缔结联盟来弥补这一点。她建立了来自于14个欧盟成员国的代表团，讨论如何能以最好的方式将科学证据融入到政策制定中，并建立了向委员会主席报告的科学与技术咨询委员会。鉴于这种情况，“我认为Anne做得很好，大概超越了大家的预期”，Wilsdon表示。
Glover想要继续连任首席科学顾问，但是这个职位需要更加强大。Wilsdon表示，一个讨论的结果是让这个职位更好地依靠欧盟的联合研究中心，该中心在5个国家、7大研究院有3000名员工。这会让Glover站在欧盟政策证据搜集过程的中心。
Pielke确信，不管人选是不是Glover，但Juncker会继续保持首席科学顾问的职位。他预测，现在废弃这一职位将会传达一种反科学的信息，这是委员会必将避免的。他只希望这个讨论会比现在更复杂。“我们是不是该留住她，她是否该走？我觉得更重要的是：她应该做什么？”■
